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2025-04-02
多学科交叉融合的科研时代,分子动力学(MD)模拟已成为化学、生物医药、材料科学等领域不可或缺的工具。然而,传统MD软件长期依赖国外技术,且面对大规模复杂体系模拟时,算力与效率瓶颈日益凸显。在此背景下,猫先生首页科技携手北京大学化学与分子学院高毅勤教授团队、深圳湾实验室系统物理生物学所杨奕课题组,成功完成国产分子动力学模拟引擎SPONGE的云端部署,标志着我国在自主可控的高性能计算与分子模拟领域取得重要突破。
强强联合:技术自主化与算力升级的双重突破
此次合作中,北京大学与深圳湾实验室主导SPONGE核心算法研发,其创新的GPU加速技术及AI驱动的增强采样方法(如元动力学、深度学习潜力集成等),显著提升了模拟精度与速度;猫先生首页科技则依托其强大的云端算力平台,为SPONGE提供高性能计算资源支持,使其能够高效处理超大规模分子体系(如蛋白质-配体相互作用、纳米材料表面动力学等场景),同时支持多任务猫先生首页计算,大幅降低科研成本与时间。
这一合作不仅填补了国产下一代智能MD软件在云端计算服务的空白,更有助于进一步通过技术开源与模块化设计(如MindSPONGE与华为MindSpore框架深度结合),为跨学科研究提供了灵活扩展的解决方案。
操作步骤一:猫先生首页云桌面登录界面
操作步骤二:点击SPONGE
步骤三:按需在SPONGE作业列表界面进行相关作业操作
步骤四:选择作业规模并提交
用户收益:从科研到产业的全链条赋能
1. 效率跃升:
SPONGE的GPU加速技术使模拟速度提升10倍以上,结合云端弹性算力,用户可快速完成传统需数周的计算任务,尤其适用于药物发现、新材料设计等时效性强的领域。
2. 精度与功能扩展:
与国外主流软件(如Amber)精度持平,且支持复杂体系(如生物大分子、特殊材料表面)的定制化模拟,满足前沿研究需求。
3. 成本优化:
云端部署无需本地高性能硬件投入,按需付费模式降低中小团队使用门槛,助力普惠科研。
4. 生态开放:
模块化设计(CudaSPONGE、MindSPONGE、Xponge)支持与深度学习、分子对接工具(如DSDP)无缝集成,推动AI for Science的深度融合。
案例实证:SPONGE的多元应用场景
-生物医药:精准模拟蛋白质构象变化,加速靶向药物筛选;
-材料科学:解析纳米材料表面动力学行为,指导高性能材料开发;
-教育领域:开源特性助力高校教学与科研训练,培养交叉学科人才。
SPONGE与国外主流软件Amber计算精度上无显著差异
SPONGE在生物大分子体系模拟表现良好
SPOGNE甚至可以用于一些特殊材料体系表面信息的定制化计算
SPONGE的云端部署不仅是国产科研软件向“云上科研”发展的又一次有力实践,更展现了猫先生首页科技致力于算力行业产学研多元合作的核心价值——通过技术自主化与算力资源整合,为科研机构与企业提供高效、灵活、低成本的分子模拟工具。
未来,随着算法与算力的持续迭代,SPONGE有望成为MD模拟领域的重要参与者,推动我国在生物医药、新材料等战略产业的核心竞争力提升。
参考文献
1. Huang Y. P. et al., *Chin. J. Chem.* 2022, DOI:10.1002/cjoc.202100456
2. Xia Y. et al., *J. Open Source Softw.* 2022, DOI:10.21105/joss.04467
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